Com o fim da primeira guerra, os humanos avançavam para o norte, os Orcs não perderam tempo e seguiram os Humanos, conquistando vários territórios nessa viagem. Nessa época, os trolls das florestas que já odiavam os humanos e os elfos de longa data, não quiseram se unir a Horda, até que Zul'jin, líder dos trolls, foi capturado pelos humanos de Hillsbrad e resgatado por Doomhammer. Com trolls, ogros e orcs lutando juntos, os goblins não levaram muito tempo para perceber que ali teriam uma fonte de renda. E assim começa a Segunda Guerra.
Gul'dan ficou enfurecido com a destruição de seu conselho, mas não encontrou dificuldades em treinar novos warlocks. Kil'jaeden voltou a agir ensinando coisas novas para Gul'dan, entre elas, como conseguir comandar os mortos. Gul'dan também aprendeu a se separar de sua consciência e usar ela para entrar na Great Dark Beyond (Grande Escuridão do Além), e encontrou as almas de seus warlocks seguidores esperando por um novo corpo. Suas primeiras tentativas de ressuscitar eles e levantar os mortos falharam, a carne de seus necrolytes e warlocks aprendizes eram muito fracas para suportar esses warlocks ancientais. Quando a Horda atacou com grandes quantidades Caer Darrow, eles foram repelidos por um tempo por um artefato, uma poderosa runestone, encantada com uma antiga mágica de origens desconhecidas. Gul'dan cobiçou esse artefato e cortou ele em grandes placas que usou para construir seu primeiro Altar of Storms.
Teron Gorefiend, primeiro DK de Azeroth
Gul'dan convocou vários de seus súditos para o altar, sacrificando muitos deles em rituais negros para conseguir ter sucesso. Seus esforços não foram em vão. Gul'dan fez seus primeiros experimentos com os vivos e usou a mágica da runestone para criar uma nova linhagem de warlocks que não cairiam tão facilmente para as espadas de Doomhammer: os Ogros Magos (Ogre Magi). Cho'gall, o primeiro desses ogros, era fanaticamente leal a Gul'dan. Juntos, os dois criaram vários novos ogros magos e se prepararam para o próximo passo de seu plano.
Doomhammer, tendo traído seu próprio mestre, levantava a suspeita de muitos. Gul'dan convenceu ele que Rend e Maim, filhos de Blackhand, queriam se voltar contra ele. Doomhammer separou as legiões de Rend e Maim e dispersou eles para salvar a si próprio, mas isso enfraqueceu a cavalaria da Horda. Gul'dan, é claro, tinha a solução – ele iria criar um exército de cavaleiros morto-vivos, leal somente a Doomhammer. Esse conceito agradou o warchief, mesmo não acreditando inteiramente no warlock, e com boa razão. Porém, essa situação deu bastante tempo para Gul'dan, e enquanto seus experimentos iniciais com Cho'gall falharam, os dois juntaram orcs e ogros com eles, formando os clãs Stormreaver e Twillight's Hammer.
O tempo foi passando e Orgrim começou a exigir resultados, Gul'dan, que ainda não estava preparado para uma guerra contra o warchief, procurou desesperadamente por uma solução. Ele percebeu que até agora só tinha trabalhado com corpos de sua tropa terrestre, ele precisava treinar cavaleiros, com corpos preparados para o combate montado. Em um reflexo de genialidade insana, ele colocou o espírito de um de seus antigos companheiros, Teron Gorefiend, no corpo de um poderoso cavaleiro humano. Para sua surpresa, Gorefiend tomou controle do corpo e, talvez o mais importante, ainda provou ser capaz de usar magias negras mesmo com o espírito preso na carcaça de ossos. E com isso, o primeiro Death Knight havia nascido.
Mas mesmo com Death Knights e Ogros Magos, a Horda sofreu muitas derrotas no início da Segunda Guerra, isso se deu principalmente por um poderoso grupo recém formado na Aliança, os Knights of the Silver Hand (Cavaleiros da Mão de Prata), mas ainda mais por outro motivo: a Aliança tinha suporte aéreo. Os poderosos anões Wildhammer, de Aerie Peak, lançavam raios dos céus direto nas forças da Horda, que nada podiam fazer para revidar. Os veteranos da guerra sabiam que a Horda precisava desesperadamente de suas próprias feras para controlar o espaço aéreo, mas a Horda não encontrava nada para suprir essa necessidade.
Foi então que um chefe orc, o xamã Zuluhed, através de recursos misteriosos, descobriu um talismã misterioso dito ser capaz de maravilhas espetaculares. O único problema era que esse talismã não respondia às magias xamanísticas de Zuluhed, não importasse quanto esforço ele fizesse. Isso fez com que Zuluhed procurasse o único warlock por quem ele tinha algum resquício de confiança, um guerreiro leal ao clã Dragonmaw, Nekros. Com isso Nekros herdou a Demon Soul. Com esse objeto, o orc pode ter controle de grandes poderes mágicos – mas o verdadeiro segredo da Demon Soul, era poder controlar os dragões.
A Poderosa Rainha do Dragonflight Vermelho Alexstrasza
Com esse poder, Nekros consegui dominar até mesmo a poderosa Alexstrasza, a Rainha Dragoa. Com ela presa em Grim Batol, Nekros forçou ela a produzir um exército para servir como cavalaria aérea para a Horda. O Dragonflight vermelho serviu então à Horda, sabendo que sua rainha seria destruída se não o fizessem, e poucos foram os que resistiram ou escaparam da Horda. Zuluhed o Exausto, foi quem ganhou o crédito pela vitória de Nekros, e seu clã Dragonmaw liderou os vermelhos para à guerra.
Com os dragões do lado da horda, a Segunda Guerra continuou próxima a um empate, mas de alguma forma os Knights of the Silver Hand e seus aliados, conseguiram invadir a citadela de Blackrock Spire, liderados por ninguém mais, ninguém menos que Anduin Lothar. Nessa invasão, Lothar foi separado de sua tropa principal, talvez na maior batalha de todos os tempos de Azeroth. No meio daquele caos, ele lutou com Orgrim Doomhammer – alguns dizem que sozinho, enquanto outros juram que ele foi pego em uma emboscada e morto por um grupo. Independente disso, sua espada caiu com sua mão morta, apesar dela não ter ficado fria por muito tempo. Um dos tenentes de Lothar, Turalyon, tomou frente e gritou "Por Lothar!" que se espalhou pela tropa da aliança uma enorme motivação, enquanto encheu de medo os corações até dos mais poderosos Orcs. O ataque desenfreado de Turalyon empurrou a Horda mais e mais, forçando todos eles a voltarem pelo Dark Portal.
Em algum lugar, mais ou menos nessa época, o chefe do Clã Frostwolf, Durotan, descobriu a verdade sobre Gul'dan e seus contatos com os demônios. Ele se voltou contra Gul'dan e a Horda baniu seu clã para as montanhas geladas de Alterac Mountain como punição. Pouco depois, ele conseguiu mais informações e provas e levou elas até Orgrim Doomhammer. Ele explicou para Doomhammer a verdade sobre Kil'jaeden, e Doomhammer acreditou nele e mandou Durotan voltar com suas tropas alguns dias mais tarde, enquanto ele pensava no que fazer. No entanto, um dos guardas traíu eles, chamou assassinos que mataram Durotan e sua esposa, deixando somente seu filho pequeno vivo. O Lorde Aedelas Blackmoore, um homem inteligente, encontrou o bebê na floresta e levou o orc como escravo, nomeando ele como "Thrall" (Servo na língua dos humanos).
No Dark Portal, os orcs não davam o braço a torcer, com Doomhammer rejeitando passar de volta pelo portal. Enquanto a batalha corria ferozmente, Khadgar, um aprendiz do Medivh e agora Arquemago de Nethergarde, começou a pronunciar uma das magias mais destrutivas desde os tempos de Aegwynn. Milhares morreram nesse dia, quando uma luz apareceu no céu em cima do portal, e humanos e orcs pararam por um momento para assistir maravilhados com aquilo. O pilar de luz que Khadgar criou destruiu o portal, derrubando o enorme portal junto com a moral dos orcs. Kilrogg Deadeye do clã Bleeding Hollow liderou uma fuga, todos os outros foram capturados pela Aliança, incluíndo o warchief Orgrim Doomhammer. Mais tarde até Kilrogg Deadeye foi capturado e preso em campo de concentração.
E assim acaba a Segunda Guerra, marcada pelo surgimento dos Death Knights, pelos combates aéreos, pela poderosa sociedade dos Cavaleiros da Mão de Prata e pelas inúmeras situações de traição da Horda.
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